
평화가 찾아온 닌자고! 마스터 우와 닌자들은 작은 찻집을 열어 새로운 생활을 하고 있다. 그러던 중, 저주의 땅에서 빠져 나온 ‘모로’라는 자가 마스터 우를 찾아 오고, 닌자들은 그와 맞서 보지만 초능력이 사라진 상태라 물리치지 못 하는데…
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최초의 스핀짓주 마스터로 부터 내려져온, 선과 악의 대결을 종결시킬 그린닌자(로이드)를 지키기 위해, 마스터 우는 불, 번개, 얼음, 흙의 속성을 가진 원소 마스터들을 훈련시키는데....

평화가 찾아온 닌자고! 마스터 우와 닌자들은 작은 찻집을 열어 새로운 생활을 하고 있다. 그러던 중, 저주의 땅에서 빠져 나온 ‘모로’라는 자가 마스터 우를 찾아 오고, 닌자들은 그와 맞서 보지만 초능력이 사라진 상태라 물리치지 못 하는데…
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결국 모로는 마스터 우의 지팡이를 손에 넣고, 최초의 스핀짓주 마스터의 무덤을 찾아 나선다. 한편, 마스터 우는 미리 복사해둔 지팡이 속의 그림을 마사코한테 보여주고, 마사코는 세 가지 그림 중 두 가지를 풀어낸다. 닌자들은 마스터 우의 말을 따라, 양 사부의 에어짓주 비법서를 찾으러 가는데…
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닌자들은 로닌에게서 에어짓주 비법서를 사려고 하지만, 쉽게 돈을 구하지 못 한다. 결국 로닌의 가게를 털기로 하는데, 마침 로닌을 찾아온 모로와 유령 궁수(소울)를 만나게 된다. 결국 양쪽 모두 비법서를 갖기 위해 싸우게 되는데…
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닌자들은 로닌한테 들은 대로, 에어짓주 기술을 배우기 위해 양 사부의 유령을 만나러 간다. 유령의 사원에 갇힌 닌자들은 여러 가지 테스트를 받게 되고, 결국 양 사부에게서 에어짓주 비법서를 얻게 되지만, 동이 트기 전까지 빠져나오지 못한 콜은 결국 유령이 되고 마는데…
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스핀짓주 마스터의 무덤을 찾기 위한 두 번째 여정이 시작된다. 닌자들은 마사코가 알려준 안식의 검을 찾기 위해 구름의 왕국으로 가야 한다. 문제는 구름의 왕국으로 가려면, 눈 먼 자의 눈이라는 바람 속으로 뛰어들어야 한다는 것! 게다가 모로보다 구름의 왕국에 가야 하는데…
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닌자들은 모로보다 먼저 구름의 왕국에 도착하지만, 그곳의 지도자인 펜윅은 자신들의 안전을 구하려고 모로와 손을 잡는다. 그러나 다행히 젊은 수도승의 도움으로 닌자들은 성스러운 검을 먼저 손에 넣는다. 이제 두 가지 암호를 풀어 무덤의 위치만 알아내면 되는데...
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닌자들은 첫 번째 스핀 짓주 마스터의 무덤에 도착하는 데 필요한 모든 아이템을 가지고 있지만, 무덤의 위치로 이어지는 마지막 수수께끼를 알아 내기 전에 로린은 칼을 훔쳐 모로에게 주어 영혼과 교환한다. 그리나 닌자들과 니야는 그를 막을 수 없습니다.
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닌자들은 로닌의 비행선을 타고 바다 밑 무덤으로 들어간다. 세 가지 테스트를 통과한 닌자들은 렐름 크리스털을 손에 넣게 되지만, 모로가 나타나는 바람에 로이드를 구하고 크리스털을 포기한다. 크리스털을 손에 넣은 모로는 다른 공간으로 사라져 버리지만, 로이드와 다시 만난 닌자들은 다행히 초능력이 돌아오게 되는데....
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닌자들은 모로의 계획을 막기 위해 스틱스로 향한다. 니야는 로이드로 분장해, 모로를 렐름 크리스털에서 떼어놓는데 성공하지만, 로이드가 크리스털을 없애기 전에 공간의 문이 완성되고 만다. 결국 로이드는 파멸의 지배자한테 붙잡혀 저주의 땅으로 가게 되는데…
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유령이 모여서 프레미 넌트를 거대한 거대한 거수로 동원 할 때, 닌자들은 에어 짓주를 사용하여 속도를 늦추기 위해 이동하는 짐승과 싸운다. 동시에 로이드는 모로와 대결하여 렐름 크리스탈을 놓고 싸우고 있다. 동시에, 그들은 서로 다른 영역을 드나 드는 싸움.
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