
정체불명의 외계인 가우나에 의해 태양계가 파괴되고, 간신히 살아남은 인류는 거대한 성간 우주선 '시도니아'를 타고 여행을 떠나야만 했다. 그 항해로부터 약 1000년 후--. 시도니아의 지하에서 할아버지에 의해 조용히 자란 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음 이후 식량이 떨어져 지상으로 나오자 쌀 도둑으로 체포되고 만다.
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대화가 불가능한 외계 생명체, 가우나에 의해 파괴된 태양계. 간신히 살아남은 인류의 일부는 소행성을 선체로 한 거대한 우주선 시도니아에서 번식하며 우주를 여행하는 길을 택했다. 그로부터 약 1000년의 시간이 흐른 서기 1009년, 시도니아 출항. 최하층부에서 조용히 자란 소년 '타니카제 나가테'는 할아버지의 죽음을 계기로 도시로 나간다. 나가테는 인간형 거대 갑옷인 '모리토'의 조종사 훈련학교에 입학하게 되고, 그곳에서 처음으로 할아버지가 아닌 다른 인간을 만나게 된다. 나가테가 처음으로 이성으로 의식하게 되는 소녀, 호시지로 시즈카. 나가테의 첫 친구가 된 남자도 여자도 아닌 인간, 시나토세 이자나. 나가테의 활약에 짜증을 느끼는 소년, 쿠나토 노리오. 다양한 훈련생들과 함께 학교생활을 하던 중, 드디어 생도들에게 첫 임무가 주어진다. 그것은 결코 어려운 임무가 아니어야 했다. 100년 만의 위협에 직면한 인류는 과연 어떤 선택을 하게 될까? 인류의 생존을 건 싸움이 지금 시작된다.

정체불명의 외계인 가우나에 의해 태양계가 파괴되고, 간신히 살아남은 인류는 거대한 성간 우주선 '시도니아'를 타고 여행을 떠나야만 했다. 그 항해로부터 약 1000년 후--. 시도니아의 지하에서 할아버지에 의해 조용히 자란 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음 이후 식량이 떨어져 지상으로 나오자 쌀 도둑으로 체포되고 만다.
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자원 채굴 임무를 받고 소행성으로 출격한 훈련생들. 임무는 간단할 것 같았지만 ...... 갑자기 채굴 지점에 가우나가 나타나 훈련생들을 공격해 온다. 가우나의 일격에 나가테는 심폐정지 상태에 빠지고, 야마노 에이코는 포식당하고 만다. 가우나를 조금이라도 멀리 떨어뜨리기 위해 시도니아에 탑재된 중질량포의 발사를 명령하는
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시도니아의 축제, 중력제가 절정을 맞이한다. 아카이 토벌대의 멤버는 모리토의 모의전인 「중력배」에서 쿠나토에 승리하고, 나가테와 호시지로는 축제를 즐기고 있었다. 각자 중력제를 즐기는 가운데, 나가테의 존재가 모리토 조종사들에게 큰 영향을 미치기 시작한다. 시도니아 최강의 아카이 토벌대는 나가테의 전투 방식을 참고하고,
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아카이 토벌대에 찾아온 비극은 선내에 큰 충격을 안겨주었다. 고바야시 함장은 다시 한 번 중질량포에 의한 가우나의 배척을 명령하지만, 가우나는 중질량포를 회피할 뿐만 아니라 시도니아로 진로를 돌린다. 고바야시 함장은 가우나와의 접촉을 막기 위해 시도니아를 비스듬히 가속하여 회피하는 행동을 선택한다. 하지만 긴급 가속은 선
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가우나의 공격으로 호시지로기가 대파된다. 호시지로는 가까스로 탈출하지만 우주를 표류하게 된다. 호시지로를 구하고 싶은 나가테는 사령부의 명령을 어기고 홀로 호시지로를 찾으러 떠난다. 얼마 후, 나가테는 호시지로의 탈출 포드를 발견하지만, 「시라츠키」의 헤이그스 입자가 고갈되어 두 사람은 함께 표류 생활을 하게 된다. 폐쇄
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256기의 「모리토」에 의해 구출된 나가테와 호시지로. 시도니아로 돌아온 나가테는 영웅 대접을 받으며 쿠나토, 호시지로, 호노카 엔과 함께 정식 조종사로 임명된다. 앞선 전투에서의 활약이 크게 인정받은 것이다. 임명식에서 쿠나토와 화해하고, 네 사람은 새로운 동료로 「장위」를 구성하게 된다. 한편, 나가테는 자신의 처지에
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보도를 통해 호시지로의 전사 소식을 접한 나가테는 연결형 가우나와의 전투기록을 열람하러 간다. 나가테, 호시지로, 쿠나토, 호노카 엔 4인에게 주어진 임무는 12개의 폭파 말뚝을 일제히 폭파해 꼬리를 자르는 것이었다. 하지만 쿠나토의 계략으로 나가테의 말뚝만 먼저 폭파되고, 꼬리 절단은 실패한다. 당황한 나가테에게 가우나
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대행성 유도비행체로 가우나 잠복 가능성이 있는 행성을 파괴하면 호시지로기를 모방한 가우나 3마리가 나타난다. 모리토 조종사들은 3개 조로 나뉘어 각각 1마리씩 가우나와 싸우게 된다. 가우나가 호시지로기의 회선을 이용해 호시지로의 목소리로 말을 하는 것에 당황하면서도 나가테 등 쿠나토반은 호시지로를 모방한 「에나」를 걸치고
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「에나」호시지로를 보존하는 외계생명체 연구소, 통칭 외생연구소. 연구원인 타히로 누미는 「에나」호시지로의 지능을 확인하기 위해 나가테에 대한 반응을 보는 실험을 한다. 처음에는 포자를 뻗는 반응을 보였던 「에나」호시지로는 실험을 거듭할수록 나가테의 말에 반응하는 듯한 모습을 보이기 시작한다. 마음이 끌린 나가테는 무공을
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나가테, 이자나, 쿠나토가 기저호로 관광을 떠난다. 쿠나토의 진짜 목적은 제4차 가우나 방어전 이후 처형된 과학자 오치아이가 남긴 연구 시설을 탐험하는 것이었다. 하지만 의도치 않게 최중요경비 격리시설에 접근한 탓에 세 사람은 경비원에 의해 잠들게 된다. 나가테가 깨어났을 때 기다리고 있던 것은 유레 박사와 고바야시 선장
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시도니아의 진로에 「에나」로 소행성을 통째로 삼킨 거대한 가우나가 출현한다. 시도니아는 급가속하여 충돌 궤도를 벗어나지만, 가우나 역시 진로를 전환하여 다시 충돌 궤도에 진입한다. 충돌까지 시간이 얼마 남지 않은 상황에서 유하타는 대행성 유도비행체에 의한 소행성 파괴를 명령한다. 하지만 주변 가우나에 의한 착탄 직전 회피
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거대 가우나의 본체에 돌파구를 열기 위해 초고출력 헤이그스포를 발사하는 시도니아. 가우나의 내부 구조가 드러나자, 개구부로부터 「모리토」대가 돌격하기 시작한다. 한편 나가테는 사마리 일행의 뒤에 나타난 「베니스즈메」 격파를 맡는다. 고군분투하며 「베니스즈메」를 쫓는 나가테지만, 지상에서 날아오는 공격에 노출되어 지면에 추
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